減少化學污染
對于自己用粉末配制培養液的實驗室來說，配制培養液要使用重蒸餾水，以減少帶入化學污染的機會。如果要添加NaHCO3，要選用純度高的NaHCO3，**好是經過細胞培養測試的。
另外盡量使用一次性的細胞培養器皿。由于標準廠家一次性細胞培養器皿的生產環境比較嚴格，得到的產品潔凈度很高，從而減少了由細胞培養器皿帶入污染的機會。
減少生物污染
由于一般的污染發生在細胞培養的操作過程中，所以良好的細胞培養操作環境和操作習慣是減少生物污染的關鍵。
要用一個專門的房間用于細胞培養，注意保持房間的清潔。
要有一個定期檢驗的合格的超凈臺（超凈臺內的潔凈度應該為100級，與計算機硬盤的生產環境相當）。在使用超凈臺前開啟通風裝置并打開紫外燈滅菌30分鐘。操作時要戴一次性橡膠手套，并噴灑70%酒精消毒。任何帶入超凈臺的非無菌物件都要噴灑70%酒精消毒。收集廢培養液的瓶子要加入漂白粉或漂白液，以避免微生物的生長。每次實驗完后，要向通向廢培養液瓶的塑料管內噴灑70%酒精，并且用蒸餾水和70%酒精先后擦拭臺面（只用70%酒精擦拭會導致灑落在臺面的培養液在臺面上形成難以清除的污垢）。
不要在超凈臺里使用酒精燈等燈具，因為這樣會因燈的熱的火焰引起的空氣對流而破壞超凈臺里本來規則的空氣層流，使本來存在于超凈臺底層的微粒被帶到上層，帶來更多的污染機會。
加熱培養液的37°C恒溫水浴中非常容易有微生物的生長，從而成為一個重要的污染源。所以需要定期清洗恒溫水浴。 細胞培養箱內的用于保持濕度的水盤也需要定期清洗。為了減少不同細胞株間的相互污染，不要用同一瓶培養液或胰酶培養不同的細胞；不要在一個超凈臺上同時進行多種細胞的操作。分裝每次小量使用的溶液（如胰酶、抗生素、谷氨酸溶液），以減少多次使用時污染的機會。
以防萬一
即使再小心，污染難免還是會發生。所以得到一個新的細胞株后的**件事情，是把細胞生長擴增后凍存起來，以備不測。
